Como punto de partida se propone desarrollar todo el programa útil del proyecto en un volumen compacto de 9 niveles, elevado sobre el terreno mediante una estructura aporticada, lo que permite minimizar su huella e impacto en el territorio -respetando la zona arqueológica. Al levantarse, el museo logra conectarse con su entorno por encima de la topografía que lo rodea. Se aprovecha el terreno existente, ya sea para crear plazas protegidas o para conseguir vistas panorámicas.
El proyecto se orienta en dirección al santuario de Pachacamac, generando una tensión entre el santuario y el museo. Además, esta orientación permite fachadas alternativas hacia los otros puntos focales identificados en el lugar: la cuidad, el mar y el desierto (zona arqueológica). Esto permite liberar el territorio histórico, mostrando un respeto hacia el lugar y generando plazas 'naturales' de ingreso y de exposición abierta (interior). El proyecto se abre longitudinalmente, separando el área de exposición (área pública con colección - niveles 4, 5 y 6) en dos, generando una conexión visual entre espacio público del museo y el santuario. Esto permite que proyecte hacia el santuario, mientras se protege hacia la zona industrial de chanchan, hacia donde muestra su lado más corto. El proyecto se perfora transversalmente (en el nivel de la plaza intermedia - nivel 2), logrando vistas abalconadas al mar, sobre la vegetación de mamacona, así como hacia el patio interior de exposición abierta. Los 3 últimos niveles se dislocan hacia el sur-oeste para generar sombras sobre el restaurante, y una terraza posterior sobre la plaza de exposición abierta. Perforaciones verticales conectan e iluminan los patios y plazas del museo, los que varían en grados de privacidad. La plaza de ingreso, así como la plaza intermedia de conexión (por donde se ingresa al auditorio, a la biblioteca, al restaurante y a las salas de exposición) son públicas, mientras que a la terraza mirador se accede desde las salas de exhibición, lo que la hacen más privada. La plaza de exposición abierta, además de ser un espacio de exhibición al aire libre, es un espacio de contemplación y desahogo.